農村生活污水中含有大量的含 N、P 元素的有機污染物，這些污染物若排放過度，超出湖泊和河流所能承受的環境容量和生態承載能力，必將引起水體富營養化，大量水生動物死亡，最終破壞水體，引發水質惡化。2007 年，全國重點流域 40 %的斷面水質達不到治理要求，70 %江河水系被污染，75 %的湖泊富營養化。

     而在農村，這些突出的水污染問題有著加重的趨勢。截止1997~2009 年，城鎮生活污水排放量增長了 88 %，每年的增長率接近 7%。七大江河水系中劣五類水質占 41 %，近 80 %河流受到不同程度的污染，在農村約 7 億人的日常飲用水中大腸桿菌超標，約 1.9 億人的飲用水中含有大量有害物質，人口的患病率和死亡率均與用水不潔有關。農村污水區別于城市污水，主要以沖廁污水，洗澡洗衣用水，廚房污水為主，污水中有機物含量普遍低低于城市污水，主要污染物為 COD，氮和磷，水質相對穩定。